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Hoy me compre un disco duro externo para respaldar unos archivos que considero importante ademas de respaldar mi coleccion de itunes. Lo que necesito saber es si existe algun software que compare el original con la copia que hice en el disco duro externo. Me gustaria poder comparar folders enteros y no archivo por archivo.

Hay varios programas que hace backups y efectuan esta comparación. Hace poco me llego una publicidad de uno creado por Norton y creo que hace lo que tu quieres.
Te dejo la liga

http://www.symantec.com/home_homeoffice/...r&pvid=nsr

Yo utilizo el No Hands Backup. Tu especificas ruta, folders, tipo de archivo, etc.

http://www.sofotex.com/No-Hands-Backup-d...24335.html

Mira, estaba buscando otra cosa y me encontré un Power Toy de Windows XP que sincroniza diferentes fuentes de archivos:

http://www.microsoft.com/windowsxp/usin ... nctoy.mspx

A lo mejor con ese la haces y es freeware.